新疆财经大学科研处是主管本校科学研究工作的职能部门。近年来，科研处秉承自强不息、严谨求实、开放包容、与时俱进的大学精神和“经世济公、至善至诚”的财大校训，不断凝聚力量、做强优势、突出特色，为全面提升学校科研和社会服务水平，建设特色鲜明高水平财经大学做出不懈努力。科研处主要职能为：拟定全校科学研究、对外科技服务和学术交流的中长期规划；组织协调全校的科学研究和学术活动；规划和管理各类科研项目，推动科研成果的转移转化，聚焦重大科研项目攻关，实施有组织的科研。组织优秀科研成果评奖；管理校属各科学研究基地；负责经世大讲堂和科研成果奖等科研奖励的组织工作等。

科研处下设项目与经费管理科、成果管理科、综合管理科三个科室，共有科研管理人员6名，组成了一支高素质的专业化科研管理队伍。其中中国共产党党员6人，具有博士学位的2人，具有硕士学位的4人，具有十年以上科研管理工作经验的4人。